آنالیز دادههای NGS | دادههای توالییابی کل ژنوم (WGS)
در دوره تخصصی آنالیز دادههای NGS | دادههای توالییابی کل ژنوم (WGS)، به بررسی عمیق دادههای توالییابی نسل جدید (NGS) و تحلیل کل ژنوم (WGS) میپردازید. از آشنایی با تکنولوژیهای Omics و دانلود دادهها از پایگاههایی مانند SRA آغاز کرده و با پلتفرم Galaxy، مراحل مختلف پردازش، ارزیابی و تحلیل دادهها را یاد میگیرید. شما با ابزارهایی مانند FASTQC و MultiQC برای بررسی کیفیت، و SAMtools برای پردازش دادههای توالییابیشده کار خواهید کرد. همچنین مفاهیم پیشرفتهتری چون SNP calling، انواع Assembly و کار با فرمتهای VCF و BAM را نیز خواهید آموخت. در پایان، توانایی انجام پروژههای واقعی NGS و طراحی Workflow در Galaxy را به دست خواهید آورد.
قیمت اصلی 3.850.000 تومان بود.1.732.000 تومانقیمت فعلی 1.732.000 تومان است.
توضیحات
NGS چیست؟
توالییابی نسل جدید (Next-Generation Sequencing) یا NGS یک فناوری پیشرفته است که امکان توالییابی سریع و دقیق DNA و RNA را فراهم میکند. این تکنولوژی به دانشمندان این توانایی را میدهد که میلیونها توالی ژنتیکی را بهطور همزمان مطالعه کنند. در مقایسه با روشهای سنتی مانند روش سنگر، NGS حجم بالاتری از دادهها را با سرعت بیشتر و هزینه کمتر تولید میکند. فرآیند NGS شامل مراحل مختلفی است، از آمادهسازی نمونه و تولید توالیها تا تحلیل دادههای بهدستآمده. یکی از مهمترین مراحل این فناوری، آنالیز دادههای خام است که بهدستآمدن اطلاعات ارزشمند بیولوژیکی و بالینی را امکانپذیر میسازد.
اهمیت آنالیز دادههای NGS چیست؟
اهمیت آنالیز دادههای NGS از این جهت است که حجم بالای دادهها نیاز به پردازش دقیق دارد. این دادهها میتوانند شامل میلیونها قطعه کوتاه از توالی باشند که بدون تحلیل مناسب، بیمعنی خواهند بود.
آنالیز این دادهها به شناسایی جهشها و تغییرات ژنتیکی مرتبط با بیماریها کمک میکند. همچنین، با استفاده از تحلیل دقیق، میتوان ساختارهای پیچیده ژنومی را تفسیر کرد و به شناسایی تغییرات ساختاری مهم دست یافت. یکی از کاربردهای کلیدی NGS در حوزه پزشکی شخصی و درمانهای فردمحور است، جایی که اطلاعات ژنتیکی هر فرد برای انتخاب درمان مناسب مورد استفاده قرار میگیرد. بهطور خلاصه، آنالیز دادههای NGS جزء ضروری برای استخراج اطلاعات مفید از این فناوری قدرتمند است و بدون آن نمیتوان از مزایای کامل این تکنولوژی بهرهمند شد.
WGS | اهمیت و کاربرد
توالییابی کل ژنوم (Whole Genome Sequencing) یا WGS یک روش جامع و پیشرفته برای تعیین توالی کل DNA در ژنوم یک ارگانیسم است، که تمام بخشهای ژنومی را با دقت بالا توالییابی میکند.
این فرآیند از استخراج DNA و برش دادن آن به قطعات کوچک آغاز میشود، سپس هر قطعه بهطور جداگانه توسط دستگاههای توالییابی خوانده میشود و در نهایت با هم ترکیب میشوند تا ژنوم کامل را بازسازی کنند. مراحل اصلی شامل سرهمبندی توالیها، کنترل کیفیت و شناسایی واریانتها است، که اطلاعات ژنتیکی دقیقی از نمونه فراهم میکند.
WGS کاربردهای گستردهای دارد؛ از تحقیقات پزشکی و شناسایی تغییرات ژنتیکی در بیماریها، تا مطالعه تکامل جمعیتها، اصلاح گونههای زراعی و دام، و تشخیص پاتوژنهای میکروبی. این روش در مقایسه با روشهای توالییابی محدودتر، جامعیت بیشتری دارد و قادر به شناسایی انواع واریانتها از تغییرات تکنوکلئوتیدی (SNP) تا تغییرات ساختاری بزرگ است. بهدلیل دقت و جزئیات بالای اطلاعات ارائهشده، WGS در حال حاضر یکی از ابزارهای اصلی برای بررسی دقیق و تفسیر ژنومها در زیستشناسی و پزشکی محسوب میشود.
چه مهارتهایی را میآموزم؟
در دوره جامع آنالیز دادههای NGS | دادههای توالییابی کل ژنوم (WGS)، بیولوژیستها به شکلی کاملاً عملی و هدفمند با مفاهیم مراحل تحلیل دادهها و همچنین با روندهای کاری در آنالیز دادههای نسل جدید توالییابی (NGS) آشنا خواهند شد.
این دوره، بدون نیاز به پیشزمینه برنامهنویسی یا بیوانفورماتیک طراحی شده و به طور کامل بر روی آموزش کاربردی و بدون پیچیدگیهای اضافی تمرکز دارد.
در مراحل اولیه، شما با اصول NGS، پایگاههای داده مهم مانند SRA، پلتفرم گالکسی (Galaxy) و انواع فرمتهای داده مورد استفاده در این نوع آنالیز آشنا خواهید شد. این مباحث به شما کمک میکنند تا دادههای مورد نظر را بهطور اصولی وارد محیط تحلیل Galaxy کنید و برای مراحل بعدی آماده شوید. سپس در هر مرحله اصلی از آنالیز (کیفیتسنجی، مپینگ، شناسایی واریانتها و اسمبلی) ابزارهای کاربردی مورد نیاز را یاد خواهید گرفت و نحوه اجرای آنها و تحلیل نتایج را به دقت فرا خواهید گرفت. در این مراحل، الگوریتمهای کلیدی به سادهترین شکل ممکن معرفی شدهاند تا درکی کامل از فرایند داشته باشید، بدون آنکه نیاز به یادگیری فرمولهای پیچیده باشد.
این دوره شامل تمرینات پروژهمحور است و در هر بخش، شما روی یک مجموعهداده کوچک به عنوان نمایی از پروژه نهایی کار میکنید. در فصلهای پیشرفتهتر، نحوه طراحی و اجرای گردشکار (Workflow) و همچنین بازآفرینی آن در Galaxy آموزش داده میشود. در پایان دوره، شما بهصورت عملی و قدم به قدم روی دادههای واقعی NGS کار خواهید کرد و یک پروژه جامع را که شامل دادههای ویروسی از پایگاه SRA است، به اتمام میرسانید.
این دوره به نحوی طراحی شده که برای تمامی سطوح علمی، از مبتدی تا پیشرفته، مفید باشد و مهارتهای کاربردی و تخصصی لازم را به شما میآموزد تا در پایان به تحلیلگری ماهر در زمینه دادههای NGS تبدیل شوید.
دورهای با بالاترین استاندارهای علمی و آموزشی مبتنی بر بیش از 15 سال تجربه آموزش و پژوهش در ایران و اروپا
جلسات دوره
مدرسان دوره
تیم علمی آکادمی قاصدک
نظرات
سوالات و نظراتتون رو با ما به اشتراک بذارید
برای ارسال نظر لطفا ابتدا وارد حساب کاربری خود شوید. صفحه ورود و ثبت نام
محصولات مرتبط
طراحی، بیان و خالصسازی پروتئینهای نوترکیب
با سلام و عرض احترام
این دو دوره آموزشی تان چه شباهت و تفاوت هایی دارند؟
۱) آموزش آنالیز دادههای RNA-Seq: از پایه تا پیشرفته
https://dandelionacademia.com/product/rna-seq-analysis/
۲) آنالیز دادههای NGS | دادههای توالییابی کل ژنوم (WGS)
https://dandelionacademia.com/product/ngs_analysis/#reviews
دوره اول به مدت ۲۳ ساعت می باشد و دوره دوم به مدت ۱۱ ساعت می باشد. آیا با خریدن دوره ی اول از دوره دوم بی نیاز می شویم؟
با تشکر
Mamnun az doreye khubetun
Mishe rahnemayee befarmayin ke chetor mishe SNP ro bar ruye gene ha jodagane visualize bokonim?
ke gene mutation ha ro beshe barresi kard.
Aya baraye in kar tools khasi dar galaxy hast?
Mamnunam
درود بر شما
از لطف شما سپاسگزاریم.
برای این منظور باید اسنیپها (SNPs) انوتیت (annotate) بشن که در درس توضیح داده شده و چون coordinate هر کدوم از ژنها مشخص هست ما می تونیم اینکار رو انجام بدیم و بفهمیم که SNPها مربوط به چه ناحیه ژنی هستند. اگر فایل کوچک باشه میشه این SNPها را جدا کرد و به جای اینکه فایل کامل رو ببریم و در IGV مشاهده کنیم میشه این فایل رو که در واقع فیلتر شده به IGV ببریم و مشاهده کنیم. اگر فایل بزرگ باشه با bcfTools میشه این کار رو انجام داد.
پیروز باشید
سلام ،
خیلی ممنونم از دوره خوبتون.
من هر چقدر تلاش میکنم نمیتونم به فایل زیلا وصل بشم. اطلاعات هم درست وارد میکنم اما باز نمیشه لطفا راهنماییم کنید.
درود بر شما
چنانچه مشکل ادامه دار هست، پیشنهاد این است که از ابتدا اکانت کاربری خود را در گلکسی اروپا بسازید (usegalaxy.eu). ما به این مطلب در دوره RNA-Seq هم اشاره کردیم که ممکن است برای انتقال داده به سرور اصلی گلکسی یعنی usegalaxy.org محدودیت های وجود داشته باشد.
پیروز باشید
درود دوباره ،
بله طبق توصیه تون در دوره هردو گلکسی امتحان کردم اما با این اررو مواجه میشم.
.Command: PASS ********
Response: ۵۳۰ Login incorrect.
Error: Critical error: Could not connect to server
در صورتی که قبلا از فایل زیلا برای هدف دیگری استفاده نمودم مشکلی نبوده .
با تشکر از توضیحات شما درباره مشکل اتصال به FTP گلکسی با استفاده از FileZilla.
به نظر میرسد که مشکل همچنان ادامه دارد: ابتدا، اطمینان حاصل کنید که نام کاربری و رمز عبور را دقیقاً همانطور که در حساب Galaxy ثبت کردهاید وارد میکنید و به حروف بزرگ و کوچک توجه دارید. سپس، تنظیمات FTP در FileZilla را بررسی کنید: میزبان را http://ftp.usegalaxy.eu (برای Galaxy اروپا)، پورت را ۲۱، نوع اتصال را FTP و حالت ورود را Normal تنظیم کنید. موقتاً فایروال و آنتیویروس سیستم خود را غیرفعال کنید تا مطمئن شوید مانع اتصال نمیشوند. در FileZilla، حالت Passive را فعال کنید و از اتصال پایدار اینترنت خود اطمینان حاصل کنید. اگر از VPN استفاده میکنید، آن را موقتاً غیرفعال کنید. همچنین، میتوانید از یک نرمافزار FTP دیگر مانند WinSCP یا Cyberduck استفاده کنید تا مطمئن شوید مشکل مربوط به FileZilla نیست. گاهی سرورها محدودیتهایی برای IPهای خاص اعمال میکنند، پس با پشتیبانی Galaxy تماس بگیرید تا مطمئن شوید IP شما مسدود نشده است. مطمئن شوید که از آخرین نسخه FileZilla استفاده میکنید و در نهایت، اگر همه این موارد را امتحان کردید و همچنان مشکل دارید، با پشتیبانی Galaxy تماس بگیرید و جزئیات مشکل را شرح دهید. امیدوارم یکی از این راهحلها به شما کمک کند.
سلام
خیلی دوره بی نظیری بود. سپاس از تیم شما.
درود بر شما
از رضایت شما خرسندیم.
سلام وقت بخیر
با تشکر از دوره عالی WGS و تدریس فوق العاده خانم دکتر
فقط من ویدئوی جلسه بیست و هشت رو ندارم
درود بر شما
خوشحالیم که دوره برای شما مفید بوده.
فصل بیست و هشت هم در دسترس می باشد.