دوره آموزشی طراحی پرایمر و پی.سی.آر (PCR)
در دوره آموزشی طراحی پرایمر و پی.سی.آر (PCR)، مبانی و مفاهیم کاربردی واکنش زنجیرهای پلیمراز یا PCR، اجزا و کاربردهای آن را یاد خواهید گرفت. این دوره شامل طراحی پرایمر با نرمافزارهای تخصصی، طراحی دستی پرایمرها، و روشهای حل مشکلات PCR است. همچنین، مراحل عملی آمادهسازی واکنش، انجام PCR با ترموسایکلر، و آشکارسازی نتایج با الکتروفورز ژل آگارز آموزش داده میشود. هدف این دوره، ارتقای مهارتهای عملی شما در طراحی و اجرای PCR برای استفاده در پروژههای پژوهشی است.
توضیحات
پرایمر چیست و چگونه طراحی میشود؟
پرایمر یک قطعه کوتاه از توالی نوکلئوتیدی (DNA یا RNA) است که به عنوان نقطه شروع برای تکثیر DNA در واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) استفاده میشود.
پرایمرها بهطور خاص به ناحیهای از DNA متصل میشوند که قرار است تکثیر شود. از آنجا که DNA پلیمراز (آنزیم تکثیرکننده DNA) قادر به شروع سنتز DNA از ابتدا نیست و نیاز به یک نقطه شروع دارد، پرایمرها این نقش را ایفا میکنند.
برای طراحی پرایمر، ابتدا ناحیه هدف DNA مشخص میشود. پرایمرها معمولاً بین 18 تا 25 جفت باز دارند و باید درصد مناسبی از بازهای G و C (40 تا 60 درصد) داشته باشند تا اتصال قویتری به DNA برقرار کنند. دمای ذوب (Tm) پرایمرها باید نزدیک به هم و معمولاً بین 55 تا 65 درجه سانتیگراد باشد. همچنین، باید از تشکیل ساختارهای ثانویه مانند دیمرها و لوپها جلوگیری کرد. برای دقت بیشتر، از نرمافزارهای طراحی پرایمر مانند Primer3 برای محاسبه ویژگیهای دقیق پرایمر استفاده میشود.
واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) چیست؟
واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) یک تکنیک آزمایشگاهی است که برای تکثیر سریع و دقیق مقادیر زیادی از یک ناحیه خاص از DNA به کار میرود. این فرآیند به کمک آنزیمی به نام DNA پلیمراز انجام میشود که بهطور مکرر DNA هدف را کپی میکند. در PCR، توالی خاصی از DNA با استفاده از پرایمرها به عنوان نقاط شروع، در طی چندین چرخه حرارتی، به طور نمایی تکثیر میشود.
این روش بهطور گسترده در تحقیقات ژنتیکی، تشخیص بیماریها، شناسایی میکروارگانیسمها و بسیاری از کاربردهای زیستپزشکی مورد استفاده قرار میگیرد.
چرا باید طراحی پرایمر را بیاموزیم؟
آموختن طراحی پرایمر برای بسیاری از تحقیقات و کاربردهای زیستی اهمیت زیادی دارد. پرایمرها نقش کلیدی در تکنیکهایی مانند واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) ایفا میکنند، که به وسیله آن میتوان بخشهای خاصی از DNA را برای بررسی یا تشخیص تکثیر کرد. توانایی طراحی صحیح پرایمرها باعث میشود تا فرآیند PCR دقیقتر، سریعتر، و با حداقل خطا انجام شود. این مهارت به محققان کمک میکند تا آزمایشات خود را بهصورت اختصاصی و هدفمند پیش ببرند، دادههای قابل اعتمادی جمعآوری کنند و از روشهای ژنتیکی در زمینههایی مانند شناسایی بیماریها، کشف ژنهای خاص، و مطالعات ژنتیکی پیشرفته استفاده کنند.
آیا لازم هست مبانی و مفاهیم کاربردی انجام PCR را بیاموزیم؟
آموختن مبانی و مفاهیم کاربردی انجام PCR بسیار ضروری است، به ویژه اگر در زمینههای زیستشناسی مولکولی، ژنتیک، پزشکی یا بیوتکنولوژی فعالیت میکنید.
آشنایی با اصول PCR و تسلط بر آن به شما این امکان را میدهد که فرآیند تکثیر DNA را به درستی درک کرده و آزمایشات خود را دقیقتر و موثرتر انجام دهید.
این دانش به شما کمک میکند تا از خطاهای رایج جلوگیری کرده، واکنشها را بهینهسازی کنید و نتایج معتبری در پژوهشها و کاربردهای تشخیصی کسب کنید. علاوه بر این، داشتن درک کامل از مراحل انجام PCR، مانند آمادهسازی نمونهها، طراحی پرایمر، و تجزیه و تحلیل نتایج، باعث میشود بتوانید این تکنیک را بهطور موثر در پروژههای تحقیقاتی و تشخیصی به کار بگیرید.
چه مهارتهایی را در این دوره میآموزم؟
در این دوره، مهارتهای اساسی و پیشرفته مرتبط با طراحی پرایمر و اجرای واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) را میآموزید. شما اصول انتخاب و طراحی پرایمر برای تکثیر دقیق DNA را میآموزید و توانایی کار با نرمافزارهای تخصصی برای طراحی پرایمرهای بهینه را کسب میکنید. همچنین، مراحل عملی انجام PCR، شامل آمادهسازی اجزا، استفاده از دستگاه ترموسایکلر، و آنالیز نتایج با الکتروفورز ژل آگارز را فرا خواهید گرفت. علاوه بر این، مهارتهای خود را در حل مشکلات رایج در PCR و بهینهسازی واکنشها برای پروژههای پژوهشی و کاربردهای تشخیصی را توسعه میدهید.
جلسات دوره
مدرسان دوره
تیم علمی آکادمی قاصدک
نظرات
سوالات و نظراتتون رو با ما به اشتراک بذارید
برای ارسال نظر لطفا ابتدا وارد حساب کاربری خود شوید. صفحه ورود و ثبت نام
سلام و عرض ادب خدمت شما. در مورد جلسه سوم سوال دارم. تو این جلسه خانم دکتر قبل طراحی پرایمر تو نرم افزار gene runner دمای tm رو وارد کردن. میخواستم بدونم tm مگه بر اساس پرایمر طراحی شده و به کمک oligo calculator به دست نمیاد . پس چجوری ما قبل اینکه پرایمر رو طراحی کنیم تو نرم افزار دما دادیم.
درود
در نرمافزارهایی مثل Gene Runner عددی که قبل از طراحی وارد میکنیم Tm واقعی پرایمر نیست؛ بلکه یک بازهٔ هدف یا شرایط کلی آنیلینگ است تا نرمافزار بداند پرایمری پیشنهاد دهد که Tm نهاییاش تقریباً در همان محدوده باشد. یعنی ابتدا یک دمای هدف برای طراحی تعیین میکنیم، اما Tm واقعی پرایمر فقط بعد از طراحی و بر اساس توالی، طول، درصد GC و شرایط نمکی، با ابزارهایی مثل Oligo Calculator بهدست میآید. بهعبارت دیگر، عدد اولیه فقط یک راهنما برای نرمافزار است و Tm واقعی وابسته به پرایمر طراحیشده است.
سلام وقتتون بخیر و خسته نباشید، من راستش اومدم مثالی رو که در قسمت سوم برای بررسی توالیها از نظر اختصاصی بودن انجام داده بودید، انجام بدم ولی زمانیکه روی get primers میزنم یک همچین اروری رو میاره:
Exception error: CFastaReader: Input doesn’t start with a defline or comment around line 1
در حالیکه من اطلاعات رو همونجور که گفته بودید وارد کردم، الان باید چیکار کنم؟
وقت شما هم بخیر
خیلی ممنون که با دقت تمرینها رو انجام میدید.
اروری که مشاهده کردید:
CFastaReader: Input doesn’t start with a defline or comment around line 1
یعنی فایل یا توالی شما با فرمت استاندارد FASTA شروع نشده. مطمئن شوید اولین خط توالی شما با > شروع میشود و قبل از آن هیچ فاصله یا کاراکتر اضافی نیست.
بین defline و توالی فقط یک خط فاصله باشد.
در توالی فقط حروف A, T, G, C وجود داشته باشند (بدون فاصله، عدد یا نویسه اضافی).
اگر از Word یا فایل متنی دیگر کپی کردهاید، حتماً قبل از وارد کردن، متن را در Notepad یا Text Editor ساده بچسبانید تا فرمت پنهان حذف شود.
در واقع، برنامه انتظار داره اولین خط شما با علامت “>” شروع بشه (که بهش میگن defline).
با سلام و وقت بخیر. در قسمت سوم دوره میخواستم پرایمر هامو از نظر اختصاصیت در Primer-BLAST بررسی کنم. در قسمت Primer Pair Specificity Checking Parameters, شما فیلد Database رو روی nr گذاشتید اما اصلا جزو گزینه ها نیست و به جای اون nt, core_nt و سایر گزینه ها هست. ممنون میشم توضیح بدین هر کودوم به چه معناست و کاربردشون چیه و باید کودوم رو به جای nr انتخاب کنیم.
با سلام و احترام
کاملاً درست میفرمایید؛ در نسخههای جدید Primer-BLAST گزینهی nr حذف شده و به جای اون چند پایگاه دادهی دیگه ظاهر میشه:
nt (Nucleotide collection): بزرگترین پایگاه داده توالیهای نوکلئوتیدی هست (GenBank + RefSeq + TPA + PDB). این همون معادل اصلی nr قدیمی محسوب میشه و معمولاً برای بررسی اختصاصیت پرایمر بهترین انتخابه.
refseq_representative_genomes / refseq_genomic: زیرمجموعههایی از پایگاه RefSeq هستن که کیفیت بالاتر و تکرار کمتر دارن. برای مواقعی خوبن که میخواید روی ژنومهای مرجع و معتبر تمرکز کنید.
core_nt: نسخهی کوچکتری از nt هست که فقط شامل توالیهای پرکاربرد و پرارجاع میشه. جستجو سریعتره ولی پوشش داده کمتره.
others (مثل RefSeq RNA یا Transcriptome Shotgun Assembly): اینا بیشتر برای بررسی پرایمر روی RNAها یا دادههای خاص هستن.
🔹 بنابراین اگر هدفتون بررسی اختصاصیت عمومی پرایمرهاست (که روی همهی توالیها بررسی بشه)، باید از nt استفاده کنید.
🔹 اما اگر فقط روی ژنومهای مرجع یا ارگانیسم خاصی کار دارید، میتونید یکی از پایگاههای RefSeq رو انتخاب کنید.
سلام و وقت بخیر. در بخش چهارم . nested pcr : من چند اشکال دارم : برای مثال tufa گفتید ۴۰۰ نوکلئوتید بالا و پایین دست ژن رو برای طراحی پرایمر در نظر میگیریم . برای ژ نهای دیگر در کارهای خودمان معیار تعداد نوکلئوتید در بالا و پایین ژن چقدر باید باشد؟ چطور باید در نظر بگیریم ؟ سوال دوم : در primer3 در قسمت target مگر نباید عدد ابتدا و انتهای ژن مد نظر رو داد ؟ شما ۳۵۰ رو گذاشتید و ۱۲۸۵ . نباید ۱۶۳۵ رو گذاشت ؟ همچنین در قسمت product size ranges ، سایز رو نهایتا تا چقدر باید دست بالا گرفت برای نمونه خودمون ؟شما ۱۷۰۰ گذاشتید ممنون
درود بر شما
پرسش نخست: چند نوکلئوتید بالا و پایین ژن را باید در نظر بگیریم؟
مقدار نوکلئوتیدی که در بالا و پایین دست ژن برای طراحی پرایمر در نظر گرفته میشود، به هدف شما از PCR بستگی دارد. اگر تنها هدف شما تکثیر کامل ژن است، معمولاً افزودن حدود ۱۰۰ تا ۳۰۰ نوکلئوتید در بالا و پایین ژن کفایت میکند. اما اگر قصد دارید نواحی تنظیمی (Regulatory) در بالا یا پایین ژن را نیز در نظر بگیرید، ممکن است این عدد تا ۵۰۰ یا حتی ۱۰۰۰ نوکلئوتید نیز افزایش یابد. در طراحی nested PCR، لازم است فضای کافی برای قرارگیری هر دو مجموعه پرایمر (outer و inner) وجود داشته باشد، به همین دلیل در مثالی مثل ژن TUFA حدود ۴۰۰ نوکلئوتید بالا و پایین لحاظ شد. این عدد قطعی نیست و برای ژنهای مختلف میتواند متفاوت باشد.
پرسش دوم: در Primer3 آیا باید ابتدا و انتهای ژن را در قسمت target وارد کنیم؟
در قسمت target در نرمافزار Primer3، هدف این است که موقعیتی از توالی که باید حتماً در محصول نهایی قرار گیرد، مشخص شود. به همین دلیل شما فقط نقطه شروع هدف و طول آن را وارد میکنید، نه ابتدا و انتهای آن بهصورت جداگانه. بهعنوان مثال اگر ژن شما از موقعیت ۱۲۸۵ تا ۱۶۳۵ باشد، مقدار target باید به شکل ۱۲۸۵,۳۵۰ وارد شود. عدد ۳۵۰ همان طول ژن است. این باعث میشود که الگوریتم طراحی پرایمرها را طوری تنظیم کند که آن ناحیه دقیقاً درون محصول PCR قرار گیرد.
پرسش سوم: محدوده مناسب برای product size range چقدر است؟
در قسمت product size range، شما بازهای را تعیین میکنید که طول محصول PCR در آن قرار گیرد. اگر هدف شما طراحی nested PCR است، باید بازهای برای پرایمر outer بزرگتر در نظر بگیرید (مثلاً ۹۰۰ تا ۱۷۰۰ جفت باز)، و برای پرایمر inner بازه کوتاهتری مثل ۳۰۰ تا ۷۰۰ انتخاب کنید. توجه داشته باشید که این اعداد نباید از طول کل توالی شما فراتر بروند. برای مثال اگر کل توالی شما ۱۳۰۰ نوکلئوتید است، نباید عدد ۱۷۰۰ را به عنوان حداکثر در نظر بگیرید. عدد ۱۷۰۰ که در مثال ذکر شد فقط برای حالتی بود که توالی مرجع بلندتر بوده و فضای طراحی بیشتری وجود داشته است.
پیروز باشید
سلام و قت بخیر . در بخش دوم ذکر فرمودید که مثلا اگر ناحیه برشی انزیم ECOR1 اضافه شود ، در محاسبه TM این ناحیه و چند توالی بعدش نباید در نظر گرفته شود. چرا ؟
درود بر شما
زمانی که در طراحی پرایمرها به ابتدای آنها ناحیهای مانند سایت برش آنزیم EcoRI اضافه میشود، این بخش در محاسبه دمای ذوب (Tm) در نظر گرفته نمیشود، زیرا با توالی هدف ژنومی هیچگونه مکملی ندارد. دمای ذوب پرایمر بر اساس بخشی از آن محاسبه میشود که در واکنش PCR به توالی هدف متصل میگردد، و چون سایت برش و نوکلئوتیدهای اضافهشده در انتهای ۵′ پرایمر فقط برای شناسایی آنزیم برش و افزایش کارایی آن استفاده میشوند، در فرآیند هیبرید شدن با الگو نقشی ندارند. بنابراین اگر این نواحی را در محاسبه Tm لحاظ کنیم، عددی بالاتر از واقعیت بهدست میآید که میتواند منجر به طراحی نامناسب پرایمر و کاهش کارایی PCR شود. تنها ناحیهای که در اتصال به الگو و آغاز فعالیت DNA پلیمراز نقش دارد، بخش مکمل ۳′ پرایمر است و همان قسمت باید در محاسبه Tm مورد توجه قرار گیرد.
سلام وقتتون بخیر، من دوره real time PCR را از آ کادمی قاصدک تهیه کردم. اون دوره هم بخشی مربوط به طراحی پرایمر دارد. میخواستم ازتون بپرسم آیا بخش طراحی پرایمر در این دوره با دوره real time PCR آکادمی متفاوت هست؟ خیلی ممنونم از شما.
درود برشما
در دوره طراحی پرایمر و پس سی آر، تمرکز روی مبانی درست و عمیق طراحی پرایمر و پی سی آر است (بیشتر روی DNA متمرکز است) و با اینکه مشابهت های کلی وجود دارد اما این دو دوره یکی نیستند.
با عرض سلام. در پایان جلسه ی دوم چند سوال برای پاسخ دادن ما بود و یکی در مورد این بود که چطور از تشکیل پرایمر دایمر ها جلوگیری کنیم. متاسفانه من جوابی برای این سوال در طول جلسه ندیدم و صرفا توضیحات راجب پرایمر دایمر بود ، نه راه جلوگیری از تشکیلش حین طراحی. امکانش هست این ابهام رو برای من رفع کنید؟
درود بر شما
حین طراحی پرایمر برای جلوگیری از تشکیل پرایمر دایمرها (Primer Dimers) میتوان چندین نکته را رعایت کرد:
۱. بررسی همپوشانی انتهایی پرایمرها: یکی از دلایل اصلی تشکیل پرایمر دایمر، وجود توالیهای مکمل در انتهای ۳′ پرایمرها است. برای جلوگیری، بررسی کنید که ۳-۴ نوکلئوتید انتهایی دو پرایمر (Forward و Reverse) مکمل یکدیگر نباشند. میتوان از نرمافزارهایی مثل OligoAnalyzer (از IDT) یا Primer3 برای تحلیل خود-تکثیری (Self-Complementarity) پرایمرها استفاده کرد.
۲. جلوگیری از ساختارهای سنجاقسری (Hairpin Structures): پرایمر نباید دارای توالیهایی باشد که درون خود مکمل باشند، زیرا باعث ایجاد ساختارهای سنجاقسری میشود. ΔG تشکیل این ساختارها را بررسی کنید (بیشتر از -۴ kcal/mol نباشد).
۳. توزیع متوازن بازهای G و C: بهتر است درصد G/C در پرایمر بین ۴۰-۶۰% باشد. از مناطق دارای توالیهای متوالی G یا C بیش از حد در انتهای ۳′ پرایمر پرهیز کنید، زیرا میتوانند پیوندهای قوی تشکیل داده و موجب دایمر شوند.
۴. طراحی طول مناسب پرایمر: پرایمرها معمولاً بین ۱۸-۲۵ باز طراحی میشوند. طول بیش از حد کوتاه احتمال دایمر شدن را افزایش میدهد.
۵. بررسی نرمافزاری: برای اطمینان از عدم تشکیل دایمر، ابزارهای آنلاین مانند Primer-BLAST (NCBI) و OligoAnalyzer را استفاده کنید. این ابزارها احتمال اتصال پرایمر به خودش یا پرایمر دیگر را محاسبه میکنند.
در حین انجام PCR نیز میتوان با رعایت برخی شرایط، از تشکیل پرایمر دایمر جلوگیری کرد:
۱. کاهش دمای Annealing مناسب: دمای اتصال پرایمر (Annealing Temperature, Tₐ) را بهینه کنید. اگر دما خیلی پایین باشد، پرایمرها ممکن است به یکدیگر متصل شوند و دایمر تشکیل دهند. Tm پرایمرها را محاسبه کنید و دمای Annealing را ۵-۳ درجه کمتر از Tm پرایمرها تنظیم کنید.
۲. کاهش غلظت پرایمر: اگر غلظت پرایمر خیلی زیاد باشد، احتمال اتصال غیر اختصاصی و دایمر شدن آنها افزایش مییابد. غلظت ۰.۱ تا ۰.۵ میکرومولار پیشنهاد میشود، اما باید بهینهسازی شود.
۳. استفاده از Hot-Start PCR:در روش Hot-Start PCR، آنزیم Taq Polymerase قبل از شروع PCR فعال نمیشود. این کار باعث میشود پرایمرها در دمای پایین قبل از شروع PCR به یکدیگر متصل نشوند.
۴. طراحی Master Mix در دمای پایین: مواد واکنش را روی یخ مخلوط کنید و واکنش را سریع به دستگاه انتقال دهید. اضافه کردن آنزیم DNA Polymerase را در آخرین مرحله انجام دهید.
۵. کاهش تعداد سیکلهای PCR: اگر تعداد سیکلها زیاد باشد، احتمال تکثیر پرایمر دایمرها افزایش مییابد. در صورت مشاهده باندهای غیر اختصاصی، تعداد سیکلها را کاهش دهید.
۶. بررسی PCR محصول روی ژل آگارز: بعد از PCR، محصول را روی ژل آگارز بررسی کنید. اگر باندهای کوچکی نزدیک ۳۰-۵۰ جفت باز مشاهده کردید، احتمالاً پرایمر دایمر هستند. در این صورت میتوان دمای Annealing را افزایش داد یا غلظت پرایمر را کاهش داد.
۷. استفاده از آنزیم Taq با تصحیح خطا (High-Fidelity DNA Polymerase): برخی آنزیمهای PCR با کیفیت بالاتر احتمال ایجاد پرایمر دایمر را کاهش میدهند.
ترکیب طراحی دقیق پرایمرها و بهینهسازی شرایط PCR میتواند احتمال پرایمر دایمر را به حداقل برساند.
سلام من دیدن فصل سوم رو تموم کردم و برای خودم یه پروژه کوچیک تعریف کردم که برای ژن becn1 با استفاده از refseq و بعد پرایمر بلست پرایمر طراحی کردم. طوری انتخاب کردم که اگزون اون ژن بین تمام ترنسکریپت واریانت ها باشه برای همین محصول های پیش بینی شده پرایمر همه دارای یک طول پروداکت ولی با نقاط عقب جلوتر هستند. مثلا ترنسکریپت واریانت ۱ از ۷۸۵ و تزنسکریپت واریانت ۴ از نوکلئوتید۵۳۵ شروع میشه ولی محصول هردو ۲۰۰ نوکلئوتیدی هست. توی همچین موردی این که ایراد اجاد نمیکنه؟ چون هدف بررسی تمام ترنسکریپت واریانت ها بوده، مفهومش با ژن تاف a,b متفاوت نیست؟
باتشکر
درود بر شما
طراحی پرایمر بر اساس اگزونی که در تمامی ترانسکریپت واریانتهای ژن هدف مشترک است، یکی از روشهای هوشمندانه برای طراحی آزمایشهای PCR است. با این حال، تفاوت در موقعیت شروع ترانسکریپت واریانتها (مانند تفاوتهایی که اشاره کردید) نکاتی را ایجاد میکند که باید در نظر گرفته شود:
۱. محصول PCR یکسان است، اما محل اتصال پرایمرها اهمیت دارد
اگر محصولات پیشبینیشدهی پرایمرها از نظر طول (مانند ۲۰۰ نوکلئوتید) یکسان باشند، به این معنا است که پرایمرها به گونهای طراحی شدهاند که بر روی اگزونی مشترک در تمامی ترانسکریپت واریانتها قرار گیرند. در نتیجه، محل اتصال پرایمر به توالی ژنومی باعث ایجاد این اختلاف در نقاط شروع (مانند نوکلئوتیدهای ۷۸۵ و ۵۳۵) میشود، اما اگر محصول PCR درست و بدون دایمر یا غیراختصاصی تولید شود، این تفاوت در نقاط شروع اشکالی ندارد.
۲. نوع واریانتهای مختلف
اگر تفاوت در نقاط شروع به دلیل واریانتهای مختلف ترانسکریپتی باشد، و شما مطمئن باشید که تمامی واریانتها یک محصول با طول یکسان تولید میکنند، این مشکلی ایجاد نمیکند. اما اگر هدف شما شناسایی یک واریانت خاص باشد، باید دقیقتر بررسی کنید که آیا توالی پرایمر شما به واریانت مورد نظر اختصاصی است یا خیر.
۳. اختصاصیت پرایمرها
حتماً با استفاده از Primer-BLAST بررسی کنید که پرایمرهای شما فقط به ترانسکریپت واریانتهای becn1 متصل شوند و محصول غیراختصاصی تولید نکنند. اگر توالیهایی مشابه در ژنوم وجود داشته باشد که پرایمرها بتوانند به آنها متصل شوند، ممکن است نتایج آزمایش تحت تأثیر قرار بگیرند.
۴. مکانیزم عملکرد PCR در واریانتها
اگر تفاوت در نقاط شروع (مانند ۷۸۵ یا ۵۳۵) باعث شود پرایمرها به نواحی متفاوت از ژن متصل شوند، این موضوع به شرط یکسان بودن محصول مشکلی ندارد. اما اگر طراحی پرایمر باعث حذف یا تداخل در تشخیص اگزون مشترک شود، باید پرایمرها را اصلاح کنید.
پیشنهاد:
تایید آزمایشگاهی: طراحی خود را با یک آزمایش PCR بر روی نمونهای که ژن مورد نظر را بیان میکند، بررسی کنید تا مطمئن شوید محصولات درست تولید میشوند.
استفاده از ژل الکتروفورز: محصول PCR را روی ژل بررسی کنید تا طول محصول دقیقاً همان چیزی باشد که پیشبینی کردهاید.
مقایسه بیان واریانتها: اگر هدف شما بررسی سطح بیان واریانتهای مختلف ژن becn1 است، ممکن است طراحی پرایمرهای اختصاصی برای هر واریانت ضرورت داشته باشد.
جمعبندی
در حالت کلی، تفاوت نقاط شروع واریانتها مشکلی ایجاد نمیکند، به شرط آنکه محصول PCR شما یکسان و اختصاصی باشد. با این حال، تست آزمایشگاهی و بررسی نتایج اولیه بسیار مهم است تا مطمئن شوید پرایمرهای شما بدون مشکل کار میکنند.
سلام شب شما بخیر. من الان فصل اول رو دیدم و یجا برام سوالی پیش اومد. توی فاز تاخیری در کینتیک پی سی ار گفتید که ترکیبات بازدارنده زیاد شده. میخواستم بدونم این ترکیبات بازدارنده چی هست؟ با تشکر
درود بر شما
خوشحالیم که دوره رو با دقت دنبال میکنید. 🌟
در فاز تاخیری (Plateau phase) در کینتیک PCR، منظور از ترکیبات بازدارنده، عواملی هستند که باعث کاهش یا توقف راندمان واکنش میشوند. این ترکیبات میتوانند موارد زیر باشند:
۱.محصولات تجمعیافتهی واکنش:
با پیشرفت چرخهها، محصولات PCR (مانند DNA دو رشتهای) به مقدار زیادی تولید میشوند. این محصولات میتوانند به طور رقابتی به پرایمرها متصل شوند یا بر توانایی آنزیم Taq پلیمراز برای ادامه سنتز تأثیر بگذارند.
۲. کاهش غلظت مواد اولیه:
دئوکسی نوکلئوتیدهای آزاد (dNTPs) و پرایمرها در طی چرخهها مصرف میشوند. زمانی که غلظت این مواد به حد بحرانی برسد، سرعت واکنش کاهش پیدا میکند.
۳. تجمع یونهای منیزیم یا عوامل کلات کننده:
منیزیم برای عملکرد آنزیم Taq ضروری است. تجمع محصولات واکنش یا یونهای غیر ضروری ممکن است منیزیم آزاد را به خود جذب کرده و عملکرد آنزیم را مختل کند.
۴. تأثیر گرمایی یا کاهش پایداری آنزیم:
آنزیم Taq پلیمراز با وجود مقاومت در برابر حرارت، ممکن است بعد از تعداد زیادی چرخه دچار کاهش فعالیت شود.
۵. آلودگی یا مواد بازدارنده خارجی:
اگر نمونه اولیه یا مواد مصرفی حاوی بازدارندههایی مانند پروتئینها، فنل یا دیگر مواد شیمیایی باشند، این مواد میتوانند در فازهای پیشرفته واکنش اثرات خود را نشان دهند.
پیروز باشید
سلام به تیم فوق العاده آکادمی قاصدک و خانم دکتر عزیز،
خواستم یک تشکر ویژه از شما بکنم بابت این دوره کاملی که در اختیار ما گذاشتید. با اینکه تجربه قبلی خیلی زیادی در انجام این تکنیک داشتم (و ادعا داشتم) اما این دوره به گونه ای طراحی شده بود که برای همه سطوح واقعا مفیده. من این دوره رو از شما هدیه گرفتم و خیلی بابت این موضوع خوشحالم چون فکر میکردم نیازی به این دوره ندارم و این هدیه ارزشمند علاوه بر لطف شما باعث شد تازه متوجه ریزه کاری هایی بشم که ازشون بیخبر بودم.
بسیار به نکات ریز و دقیقی پرداخته بودید و چقدر ماهرانه تمام مسایل رو پوشش داده بودید. همین مسأله باعث شد نسبت به دوره Real time PCR هم کنجکاو شم و تهیه کردم.
امیدوارم همینجوری با قدرت بمونید و ما از تدریس های زیبای شما لذت ببریم.
از شما خیلی خیلی ممنونم.
درود بر شما همراه عزیز آکادمی قاصدک.
سپاس از نظر محبت آمیز شما.
سلام و وقت بخیر خدمت تیم آکادمی قاصدک
یک ویژگی برجسته این دوره این هست که حتی اگر فرد تجربه PCR در عمل را نداشته باشه، با توجه به توضیحات کامل و دقیق خانم دکتر، میتونه یک نگاه خیلی خوب و ریزبینانه در مورد این تکنیک پیدا کنه و به دنبال اون، اعتماد به نفسش برای کارهای عملی بالا بره.
خیلی ممنون هستم و خسته نباشید میگم برای این دوره خوبتون.
سپاسگزاریم بابت همراهی و به اشتراک گذاشتن نظراتتون و بسیار خوشحالیم که از این آموزش دقیقا تاثیری که تمام وقت دنبالش بودیم رو گرفتید.
سلام. لطفا برای این دوره و ریل تایم هم تخفیف اعمال کنید. ممنون
میشه خواهشا تخفیف رو زودتر تمدید کنید. خیلی بهش نیاز دارم.
درود
ممنون بابت دوره بسیار ارزشمندتون
برای استخراج RNA و یا DNA از سلول، تعداد سلول اولیه مناسب چقدر است؟
سلام و درود
برای استخراج RNA و یا DNA از سلول، تعداد سلول اولیه مناسب بستگی به منظور استفاده و نوع بررسی مورد نظر دارد. برای برخی از برنامههای ژنتیکی و مولکولی، تعداد سلول اولیه باید بسیار بالا باشد تا برای به دست آوردن مقادیر کافی از RNA یا DNA برای تجزیه و تحلیل کافی باشد. در موارد دیگر، نیاز به تعداد کمتری سلول اولیه وجود است.
در کارهای عمومی مولکولی مانند PCR، معمولاً استفاده از تعداد ۱۰۰,۰۰۰ سلول اولیه کافی است. با این حال، برای روشهایی مانند تعیین توالی کامل DNA یا تحلیل ژنهای خاص، ممکن است نیاز به تعداد بسیار بیشتری سلول اولیه باشد، که در صورت استفاده از سلولهای بسیار کم، کمیت کافی از RNA یا DNA قابل استخراج نخواهد بود.
در هر صورت، در تعیین تعداد سلول اولیه مناسب، عوامل دیگری مانند نوع سلول، سلامتی سلول، فرآیند استخراج نیز باید در نظر گرفته شوند. بهتر است در هر مورد به مرجعها و پروتکلهای استاندارد مراجعه کنید تا بهترین تعداد سلول اولیه را برای بررسی خاص خود تعیین کنید.
سلام و خداقوت به تیم پر تلاش آکادمی
این دوره بسیار کامل و ارزشمنده. من قبلا تجربه طراحی پرایمر و انجام PCR های زیادی داشتم اما این دوره تمام حفره هایی که در دانش من وجود داشت رو پر کرد (حفره هایی که خودمم از وجودشون خبر نداشتم). خیلی خوش شانس بودم که این دوره رو از شما هدیه گرفتم. مطمئنا بعد از این پرایمرها و PCR های موفق تری دارم و این رو مدیون شما هستم که دانشتون رو به بهترین شکل ممکن و با کمترین هزینه در اختیار ما قرار دادین.
این دوره رو به همه دوستان (حتی کسانی که در این زمینه تجربه قبلی دارن) پیشنهاد میکنم.
ممنونم از زحمات بی دریغتون
سلام و تشکر از آموزش عالی و بی نقص شما. بسیار ممنون میشم اگر که دوره آموزشی وسترن بلات هم در سایتتون قرار بدید.
سلام و درود، الکتروفورز پروتیین، وسترنبلات و نحوه آنالیز دادههای آن بطور کامل در دوره بیان و خالصسازی پروتیینهای نوترکیب آورده شده. این دوره از نظر حجم و عمق مطالب آموخته شده فوقالعاده جذاب و کاربردی و یکی از دورههای پرطرفدار و بسیار موفق آکادمی میباشد. پیروز باشید!
سلام ، ممنون میشم کامل جواب بدهید.
۱)کلاسهای شما به صورت ویدیویی هست؟ ۲) کلاسهای شما فقط تئوری هستند یا نکات عملی را هم آموزش میدهند؟ ۳) برای شروع یادگیری و تسلی بر PCR کدام کلاسها را به ترتیب الویت معرفی میکنید؟ ۴) فایلها برای ما ارسال میشوند یا فقط در وبسایت شما قابل مشاهده هستند؟بسیار سپاسگزار خواهم بود از پاسخ کامل و سریع شما
درود بر شما. در پاسخ به پرسشهای شما به ترتیب:
۱- بله. کلاسها به صورت ویدیویی با کیفیت Full HD و پخش از سرور ویژه پخش ویدیو
۲- مبنای کلاسهای ما آماده شدن برای کار، انجام آزمایشها و پژوهش در آزمایشگاه است و بسیاری از نکات و اصول کاربردی توضیح داده می شود.
۳- PCR استاندارد یک دوره پایه است و شما با کمی دانش ژنتیک می توانید به خوبی محتوای این دوره را بیاموزید. دوره های بعدی زیادی وجود دارد که شما می توانید پس از این دوره آنها را بیاموزید (مثل کلونینگ، ریل تایم پی سی آر و …).
۴- شما در اکانت خود دسترسی بدون محدودیت به پخش ویدیو دارید.
پیروز باشید
سلام❤
اولا از شما و بقیه دوستانی که به نحوی توی این فعالیت ها و خدمات شرکت دارن ،ممنونم.
دوما از صمیم قلبم از مانلی عزیزم ممنونم.
جدای از تدریس عالی ، که واقعا مشخص هست انچه از قلب و ذهنشون بیرون میاد رو اموزش میدن❤اونم بدون هیچ چشم داشتی❤🙏
چیزی که برای من خیلی بُلد بود، این بود که واقعا ثانیه به ثانیه ویدیو ها ،درحال تدریس هستن.
(من اینو توی دانشگاه از اساتید خودمم ندیدم ، حتی بالاخره تو دوره های دیگه در جاهای دیگه چه حضوری توی موسسه هایی که مثلا خیلی خفن به نظر میرسن و اسمی برای خودشون در کردن و چه مجازی که شرکت کردم ،هم ندیدم )
صمیمانه از همتون ممنونم ،به ویژه مانلی عزیزم❤
مطمئن باشین این انرژی های خوب ،بهتون برمیگرده.
درود بر شما. بسیار از شما سپاسگزاریم. هدف ما این هست که دوره هایی را ارایه کنیم که شایسته وقت و حضور همراهان عزیزی همچون شما باشد.
سلام و درود .. بخش pdf برای من باز نمیشه متاسفانه .. لینک دانلود درست هست؟ یا مشکل از منه؟
درود بر شما
مشکلی وجود ندارد. لطفا روی آیکن سبز دانلود کلیک نمایید.
بسیار کامل و دقیق بود و خیلی نکات خوبی رو اشاره کرده بودین
ممنون ازتون مانلی جان
خدا قوت مهربان
سپاس از شما.
درود . لطفا مهلت تماشای دوره های خریداری شده رو به بیشتر از سه ماه افزایش بدید چون در ایران نت ها بسیار ضعیف شده و فیلترشکن ها ساعت های محدودی وصل میشن و یکم دشوار شده مشاهده فیلم ها.
درود بر شما.
هیچ محدودیت زمانی برای دسترسی به دوره ها وجود ندارد.
پیروز باشید
سلام من از دوره رایگانی که برای زمستان ۱۴۰۰ گذاشتین جا موندم متاسفانه. کی دوباره برگزار میشه ؟
درود. ظرفیت را برای این دوره ۳۰۰ در نظر گرفتیم.
اگر این امکان وجود داشت می توانستیم میزبان همه باشیم.
برای دوره بعد اطلاع رسانی خواهد شد.
سلام این دوره همون اولین دوره ای ست که به نام molecular basic به صورت رایگان برگزار شد؟ یا متفاوت هست؟
درود. همان دوره است.
عالیههههه هیچ جمله ای نمیتونه دوره های آکادمی قاصدک رو توصیف کنه
درود. سپاس بسیار.
سلام. مدرک هم داده میشه برای این دوره؟
درود. برای این دوره آموزشی فعلا گواهی تکمیل دوره ارایه نمی شود.
با سلام. بعد از خرید دوره، همیشه به دوره دسترسی خواهیم داشت؟ یا اینکه مدت زمان محدودی میشه دوره رو مشاهده کرد؟
درود.
برای دوره های آفلاین مانند طراحی پرایمر و کلونینگ، دست کم سه ماه دسترسی با کیفیت پخش عالی وجود دارد.