20 %
برنامهنویسی کاربردی با R و آنالیز دادههای بیولوژیک
در دوره آموزشی برنامهنویسی کاربردی با R و آنالیز دادههای بیولوژیک تلاش بر این است تا شما را با مبانی برنامهنویسی با R آشنا کند و توانایی شما را در استفاده از R در حوزه بیولوژی افزایش دهد. R یک زبان برنامهنویسی قدرتمند و پرکاربرد در علوم زیستی است که امکانات گستردهای در تحلیل دادههای بیولوژیکی فراهم میکند. در این دوره، شما با مفاهیم برنامهنویسی و زبان R آشنا میشوید و نحوه استفاده از آن در حل مسائل بیولوژیکی را یاد میگیرید.
ثبت نام در دوره
قیمت اصلی 1.950.000 تومان بود.1.560.000 تومانقیمت فعلی 1.560.000 تومان است.
توضیحات
فارسی
15 ساعت
بدون پیشنیاز
شهریور 1403
26 فصل
تماشای آنلاین ویدیوهای دوره
سطح مقدماتی تا پیشرفته
سرتیفیکیت به زبان انگلیسی از کانادا
ویژگیهای زبان برنامهنویسی R چیست؟
برنامه نویسی با R برای بیولوژیستها تواناییها و ویژگیهای منحصر به فردی دارد که آنها را در تحلیل دادههای بیولوژیکی قدرتمند میسازد. در ادامه، به برخی از این تواناییها و ویژگیها اشاره خواهیم کرد:
- R یکی از پرکاربردترین زبانهای برنامهنویسی در حوزه علوم زیستی است. بیولوژیستها میتوانند از R برای تجزیه و تحلیل دادههای بیولوژیکی مختلف مانند ژنومیک، پروتئومیک، متابولومیک، RNA-Seq و غیره استفاده کنند.
- R دارای مجموعه بزرگی از کتابخانهها و پکیجهای مربوط به بیولوژی است که توسط جامعهی R توسعه داده شدهاند. این کتابخانهها شامل ابزارها و توابع مختلفی برای تجزیه و تحلیل دادههای بیولوژیکی، ترسیم نمودارها، مدلسازی آماری و غیره میشوند. این امکان را به بیولوژیستها میدهد که با استفاده از ابزارهای قدرتمند R، به سرعت و به طور موثر در تحلیل دادههای بیولوژیکی پیشرفته عمل کنند.
- R یک زبان آماری قوی است و دارای توابع و ابزارهای آماری متنوعی است. این ویژگی به بیولوژیستها امکان میدهد تا با استفاده از تکنیکهای آماری پیشرفته، تجزیه و تحلیل دقیقتر و نتایج قابل اعتمادتری را ارائه کنند. بیولوژیستها میتوانند از آزمونهای آماری، روشهای ترسیم نمودارهای توصیفی و تحلیل آماری دادههای بیولوژیکی در R بهرهبرداری کنند.
- R یک زبان برنامهنویسی اسکریپتی است که به بیولوژیستها امکان میدهد کدهای خود را به راحتی بنویسند و اجرا کنند. آنها میتوانند توابع و بستههای خود را بسازند و قابلیتهای جدید را به زبان اضافه کنند. این قابلیت به بیولوژیستها امکان میدهد تا راه حلهای سفارشی و تخصصی برای مسائل خاص بیولوژیکی خود پیادهسازی کنند.
- R یک زبان برنامهنویسی متنباز است و دارای یک جامعه فعال از توسعهدهندگان است. این به معنای وجود منابع آموزشی غنی، ابزارها و راهنماهای مفید برای بیولوژیستها است. اگر به مشکلی برخورد کنید یا نیاز به راهنمایی داشته باشید، میتوانید به جامعه R مراجعه کنید و از تجربیات و دانش دیگران استفاده کنید.
- در علوم زیستی، معمولاً با دادههای بزرگ و پیچیده سروکار داریم. R با امکانات قدرتمند خود، امکان پردازش و تحلیل دادههای بزرگ را فراهم میکند. از پیشپردازش دادهها تا استخراج اطلاعات مفید و ارائه نتایج، R میتواند برای بیولوژیستها در مدیریت و تحلیل دادههای بزرگ بسیار مفید باشد.
- R دارای کتابخانههای قدرتمندی برای ترسیم نمودارها و تصویرسازی دادهها است. این قابلیت به بیولوژیستها کمک میکند تا نتایج خود را به صورت بصری جذاب و قابل فهم به نمایش بگذارند. از نمودارهای مختلف مانند نمودارهای لینکاژی، نمودارهای توزیع، نمودارهای شبکه و غیره میتوان برای نمایش دادههای بیولوژیکی استفاده کرد.
- R به بیولوژیستها امکان میدهد تا با استفاده از کتابخانهها و پکیجهای مربوط به بیولوژی، به پایگاهدادههای بیولوژیکی دسترسی داشته باشند. این پایگاهدادهها شامل اطلاعات ژنتیکی، توالیهای DNA و RNA، پروتئینها، طیفهای جزئی و غیره میشوند. با استفاده از R، بیولوژیستها میتوانند این دادهها را استخراج و تحلیل کنند و به راحتی با آنها کار کنند. این امکان به آنها میدهد تا در پژوهشهای خود از منابع غنی دادههای بیولوژیکی بهرهبرداری کنند و تحلیلهای پیشرفتهتری انجام دهند.
- R امکان ارتباط با زبانها و ابزارهای دیگر را نیز فراهم میکند. بیولوژیستها میتوانند با استفاده از پکیجهای مختلف، ارتباط با زبانهای مانند Python و … را برقرار کنند. این قابلیت به آنها امکان میدهد از امکانات و ویژگیهای مختلف این زبانها استفاده کنند و بهترین روشها را در تحلیل دادههای بیولوژیکی خود بهکار ببرند.
چرا باید زبان برنامهنویسی R را بیاموزم؟
یادگیری زبان برنامهنویسی R برای یک بیولوژیست بسیار پرکاربرد است زیرا R یک ابزار قدرتمند برای تجزیه و تحلیل دادههای زیستی به حساب میآید. یادگیری R میتواند به بیولوژیستها کمک کند تا با دادههای پیچیده زیستی بهتر کار کنند و نتایج علمی خود را به صورت دقیقتر و کارآمدتر تحلیل و گزارش دهند. به دلایل زیر بایستی زبان برنامهنویسی R را بیاموزم:
- تحلیل دادههای زیستی: بسیاری از دادههای زیستی، مانند دادههای ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس (RNA-seq)، و پروتئومیکس، نیازمند تحلیلهای آماری پیچیده هستند. R دارای پکیجهای اختصاصی برای تجزیه و تحلیل این نوع دادهها است، از جمله Bioconductor، که یکی از منابع اصلی برای تحلیل دادههای زیستی است.
- مدیریت و مصورسازی دادهها: R ابزارهای قدرتمندی برای مدیریت دادهها، تحلیلهای آماری پیشرفته و مصورسازی دارد. بیولوژیستها میتوانند از پکیجهای مختلفی برای ایجاد نمودارهای زیبا و علمی استفاده کنند که به تفسیر دادهها و گزارش نتایج کمک میکند.
- تحلیلهای آماری پیشرفته: زیستشناسی مدرن با دادههای بزرگ و پیچیده سروکار دارد که نیاز به مدلسازیهای آماری دقیق دارد. R به دلیل امکانات پیشرفته آماری و انعطافپذیری در تحلیل دادهها انتخاب مناسبی برای بیولوژیستها است.
- قابلیت بازتولید نتایج: R به بیولوژیستها اجازه میدهد که اسکریپتهایی بنویسند که مراحل تحلیل دادهها را تکرارپذیر کند. این موضوع در پژوهشهای علمی اهمیت زیادی دارد، چرا که قابلیت بازتولید نتایج یکی از اصول اصلی تولید دانش است.
- جامعهی فعال و منابع آموزشی: R دارای جامعهای بسیار فعال از زیستشناسان و آمارشناسان است. بیولوژیستها میتوانند از پکیجها، آموزشها، و انجمنهای فعال برای رفع مشکلات و بهبود دانش خود استفاده کنند.
- سازگاری و یکپارچگی با ابزارهای دیگر: R میتواند با ابزارها و زبانهای دیگر مانند Python، SQL، و حتی پلفقرمهایی مثل Galaxy ادغام شود. این ویژگی باعث میشود که بیولوژیستها بتوانند از R در کنار دیگر ابزارهای موجود در تحلیلهای خود استفاده کنند.
دوره آموزشی برنامهنویسی کاربردی با R به چه کسانی پیشنهاد میشود؟
- این دوره آموزشی برای بیولوژیستها با هر سطح دانش برنامهنویسی مناسب است، از افراد مبتدی تا حرفهای. تکنیکهای برنامهنویسی به گونهای تدریس میشوند که شما با اصول برنامهنویسی آشنا شوید و در عین حال به مسائل بیولوژیکی خود بپردازید.
- همه علاقمندان از زمینههای مختلف علمی از جمله میکروبیولوژی، بیوشیمی، بیوتکنولوژی، ایمونولوژی، داروسازی، تکنولوژی زیستپزشکی، ژنتیک، زیستسلولیمولکولی، زیستگیاهی، زیستجانوری، پزشکی، کشاورزی، علوم زیستی و بیوانفورماتیک از دانشگاه، صنعت و سازمانهای آموزشی و پژوهشی.
- پژوهشگرانی که که برای پیشبرد و انجام آزمایشها و مطالعات خود نیاز به کسب دانش کاربردی در زمینه بیوانفورماتیک دارند.
- دانشجویان و علاقمندان به اپلای برای دانشگاههای خارج از کشور.
چه مهارتهایی را میآموزم؟
با گذراندن دوره آموزشی برنامهنویسی کاربردی با R و آنالیز دادههای بیولوژیک شما مهارتهای زیر را فرا میگیرید:
- دادههای بیولوژیکی را با استفاده از R تجزیه و تحلیل کنید و نتایج قابل فهم و تفسیری را ارائه دهید.
- برنامههایی برای حل مسائل خاص بیولوژیکی بنویسید و از تکنیکهای پیشرفته برنامه نویسی R استفاده کنند.
- پروژههای بیولوژیکی خود را با استفاده از R انجام دهید و نتایج آنها را به صورت گزارشهای قابل فهم و تفسیر بیولوژیکی تولید کنید.
- به صورت مستقل در پروژههای بیولوژیکی مشارکت کنید و دادههای بیولوژیکی را بهبود بخشید.
- با استفاده از تکنولوژیهای پیشرفته در بیولوژی مانند RNA-Seq، بیوانفورماتیک و تحلیل توالیهای ژنتیکی کار کنید.
جلسات دوره
تماشای ویدیوی فصل نخست
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل دوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل دوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل سوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل سوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل چهارم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل چهارم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل پنجم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل پنجم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل ششم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل ششم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل هفتم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل هفتم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل هشتم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل هشتم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل نهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل نهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل دهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل دهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل یازدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل یازدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل دوازدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل دوازدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل سیزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل سیزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل چهاردهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل چهاردهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل پانزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل پانزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل شانزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل شانزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل هفدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل هفدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل هجدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل هجدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل کدهای فصل هجدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل نوزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل PDF اسلایدهای فصل نوزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل کدهای فصل نوزدهم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل بیستم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل کدهای فصل بیستم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل بیست و یکم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل کدهای فصل بیست و یکم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل بیست و دوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل های فصل بیست و دوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل بیست و سوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل های فصل بیست و سوم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل بیست و چهارم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل های فصل بیست و چهارم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل بیست و پنجم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل کد فصل بیست و پنچم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
تماشای ویدیوی فصل بیست و ششم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
دانلود فایل های فصل بیست و ششم
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
درخواست گواهی تکمیل دوره
محتوای این درس فقط به خریداران نمایش داده میشود . برای دسترسی کامل به محتوای دوره آن را خریداری کنید.
مدرسان دوره
تیم علمی آکادمی قاصدک
نظرات
سوالات و نظراتتون رو با ما به اشتراک بذارید
برای ارسال نظر لطفا ابتدا وارد حساب کاربری خود شوید. صفحه ورود و ثبت نام
با سلام و احترام
خیلی ممنون از دوره عالی R و تدریس فوق العاده آقای دکتر
جسارتا آیا امکان اضافه شدن مبحث Regular Expression و کاربرد برخی توابع پرکاربرد به دوره مقدور هست؟
با سپاس فراوان
با سلام و احترام،
بسیار خرسندیم که از دوره R رضایت دارید و از تدریس آقای دکتر لذت بردهاید. در مورد درخواست شما برای اضافه شدن مبحث Regular Expression و معرفی و کاربرد توابع پرکاربرد مرتبط، این پیشنهاد بسیار ارزشمندی است. Regular Expressions ابزار قدرتمندی برای جستجو و دستکاری متون در R هستند و توابعی مانند grep(), grepl(), gsub(), و str_replace() از بسته stringr در این زمینه بسیار مفید هستند. این مبحث میتواند به درک عمیقتر و کارایی بیشتر در تحلیل دادههای متنی کمک کند. پیشنهاد شما به تیم آموزشی منتقل خواهد شد و امیدواریم در بهروزرسانیهای بعدی دوره این موضوع به محتوای آموزشی اضافه شود.
از توجه و پیشنهاد سازنده شما سپاسگزاریم!
درود بر شما. ممنون بابت دوره ی جذاب، مفید و کاربردی. بجای فایل مربوط به جلسه پانزده، فایل جلسه چهاردهم آپلود شده. ممنون میشم اصلاح کنید
سپاس از توجه شما
تصحیح شد.
پیروز باشید
سلام و درود
با تشکر ویژه و خسته نباشید برای دوره بسیار عالی و کاربردی. سوالم در مورد دستور زیر برای توضیح بیشتر در مورد قسمت group=paste(condition,language)است اگه ممکنه بفرمایید با چه هدفی این قسمت اضافه شده است؟
ggplot(dat_long, aes(x = condition, y= rt, fill = language,group = paste(condition, language)
)) +
geom_violin(alpha = 0.25, position = pos) +
geom_boxplot(width = .2,
fatten = NULL,
alpha = 0.75,
position = pos) +
stat_summary(fun = “mean”,
geom = “point”,
position = pos) +
stat_summary(fun.data = “mean_se”,
geom = “errorbar”,
width = .1,
position = pos) +
scale_fill_brewer(palette = “Dark2”)
درود بر شما
خوشحالیم که دوره مفید بوده. در کدی که نوشتید، بخش group = paste(condition, language) در تابع aes از بسته ggplot2 برای تنظیم گروهبندی دادهها استفاده میشود.
نقش group در ggplot: پارامتر group در aes به ggplot کمک میکند که مشخص کند چگونه دادهها را گروهبندی کند، خصوصاً زمانی که ما بخواهیم خطوط، شکلها یا دستهبندیهای خاصی برای نمایش دادهها در یک نمودار ایجاد کنیم. اگر group تنظیم نشود، ggplot ممکن است فرض کند که کل دادهها به یک گروه تعلق دارند، که معمولاً منجر به نمودار اشتباه یا نمایش ناقص دادهها میشود.
paste(condition, language) چیست؟
عبارت paste(condition, language) دو ستون condition و language را با هم ترکیب کرده و برای هر جفت از این دو ستون یک گروه منحصر به فرد میسازد. به عبارت دیگر، این کد به ggplot میگوید که ترکیبهای یکتای ستونهای condition و language باید به عنوان گروههای جداگانه در نظر گرفته شوند.
چرا اینجا استفاده شده است؟
در این مورد خاص، به نظر میرسد که هدف این است که هر ترکیب از condition (شرایط) و language (زبانها) به صورت جداگانه در رسم نمودار در نظر گرفته شود. مثلاً: اگر condition شامل دو مقدار (مانند A و B) باشد و language شامل سه مقدار (مانند English, Spanish, French) باشد، این عبارت ۶ گروه یکتا برای دادهها ایجاد میکند:
A-English, A-Spanish, A-French, B-English, B-Spanish, B-French.
چرا مهم است؟
این گروهبندی برای لایههای مختلف مانند geom_violin، geom_boxplot، و stat_summary اهمیت دارد. زیرا:
نمودارهای دقیقتر: بدون مشخص کردن گروه، ممکن است ggplot اشتباهاً خطوط و اشکال را برای کل دادهها ترکیب کند.
هماهنگی میان لایهها: برای تطابق صحیح رنگها، اندازهها، و مکان دادهها، ggplot باید بداند که هر گروه به چه بخشی تعلق دارد.
جمعبندی یک
عبارت group = paste(condition, language) به ggplot میگوید که دادهها را بر اساس ترکیب یکتای ستونهای condition و language گروهبندی کند. این کار باعث میشود که لایههای مختلف به درستی رسم شوند و نمودار نهایی اطلاعات را دقیق و کامل نمایش دهد.
آیا با وجود fill=language باز هم نیاز به group = paste(condition, language) هست؟
وقتی از fill = language استفاده میکنید، ggplot به طور پیشفرض دادهها را بر اساس ستون language گروهبندی میکند. بنابراین ممکن است به نظر برسد که group = paste(condition, language) اضافی است. با این حال، بستگی به موقعیت خاص نمودار و ساختار دادهها دارد که آیا واقعاً این قسمت ضروری است یا خیر.
تفاوت اصلی بین fill و group
fill: به ggplot میگوید که رنگها برای هر گروه چگونه اعمال شوند. یعنی fill = language مشخص میکند که هر مقدار در ستون language یک رنگ خاص داشته باشد.
group: به ggplot میگوید که چگونه نقاط یا دادهها باید به گروههای منحصر به فرد تقسیم شوند. این برای تعیین شکل و ساختار بصری (مانند مرزها یا ترتیب لایهها) اهمیت دارد.
آیا group = paste(condition, language) ضروری است؟
اگر دادههای شما ترکیبی یکتا از condition و language باشند و شما فقط از یک لایه مثل geom_violin یا geom_boxplot استفاده کنید، معمولاً نیازی به مشخص کردن group نیست، زیرا fill = language به طور خودکار گروهبندی لازم را اعمال میکند.
اگر چندین لایه با رفتارهای مختلف دارید (مانند geom_violin, geom_boxplot, و stat_summary) و به ترکیب دقیق condition و language نیاز دارید، آنگاه group = paste(condition, language) میتواند اطمینان حاصل کند که دادهها به درستی گروهبندی و رسم میشوند.
چگونه بفهمیم آیا واقعاً نیاز است؟
برای فهمیدن اینکه آیا group = paste(condition, language) ضروری است یا نه:
ابتدا این قسمت را حذف کنید و کد را اجرا کنید.
اگر نمودار شما به درستی رسم شد (بدون اختلال در ترتیب دادهها یا ساختار بصری)، این قسمت اضافی است.
اگر اختلالی مشاهده کردید (مانند گروهبندی نادرست یا همپوشانی دادهها)، پس این عبارت ضروری است.
جمعبندی دو
fill = language برای رنگآمیزی کافی است، اما group = paste(condition, language) تضمین میکند که دادهها به صورت دقیقتر گروهبندی شوند، مخصوصاً در نمودارهای پیچیده. اگر شک دارید، بهتر است این گزینه را نگه دارید تا از بروز مشکلات احتمالی جلوگیری شود.
سلام خسته نباشید.
من دوره را ثبت نام کردم ولی نمیدونم از کدوم قسمت باید جلسات را ببینم؟
درود بر شما
در خود دورره، بخش توضیحات، قسمت پایین، جلسات دوره را مشاهده می نمایید. در جلسات دوره، هر فصل دارای ویدیو و فایل های مربوطه هست که کلیک و مشاهده می نمایید .
پیروز باشید
سلام و خسته نباشید، ممنون از دوره بسیار خوبتون. من یک مشکلی با نصب پکیج دارم. برای نصب hexabin و patchwork ارور میده که با این ورژن در دسترس نیست. من آخرین ورژن R رو نصب کردم نمیدونم مشکل چی هست.
درود بر شما
اگر همه موارد بر اساس دوره آموزشی پیشرفته باشه نباید مشکلی وجود داشته باشه. ما امتحان کردیم و هیچ مشکلی مشاهده نکردیم. در هر صورت موارد زیر پیشنهاد می شود:
۱- بروزرسانی RStudio: اگر نسخه RStudio قدیمی باشه، ممکنه با نسخههای جدید R ناسازگار بشه. از این لینک RStudio رو به آخرین نسخه بروز کنید
۲- بررسی نسخه R در RStudio: گاهی اوقات ممکنه RStudio به نسخهای از R متصل باشه که با سیستم شما مطابقت نداره. از مسیر زیر نسخه R رو بررسی کنید:
در RStudio، از منوی Tools وارد Global Options شوید.
در بخشGeneral قسمت R version بررسی کنید که آیا آخرین نسخه R به درستی انتخاب شده یا نه. اگر نسخه اشتباهی انتخاب شده، میتونید مسیر صحیح R رو به صورت دستی وارد کنید.
۳- نصب پکیجها در RStudio: اطمینان حاصل کنید که RStudio در زمان نصب پکیجها به اینترنت متصل باشه و از دستور زیر برای نصب استفاده کنید:
install.packages(“hexbin”)
install.packages(“patchwork”)
۴- اگر همچنان مشکل دارید، نصب پکیجها از GitHub رو امتحان کنید:
install.packages(“devtools”)
devtools::install_github(“thomasp85/patchwork”)
devtools::install_github(“thomasp85/hexbin”)
پروز باشید
سلام وقتتون بخیر
من متاسفانه همون اول کار ب مشکل خوردم😂
وقتی که دستور رو توی قسمت ادیتور وارد میکنم بعدش run یا source رو میزنم استور اجرا نمیشه ارور میده
Error unexpected
Error in source
(active R studio ducument)
درود بر شما
این ارور زمانی که رخ میدهد به این معناست که دستوری که وارد کردهاید، به شکلی نادرست یا ناقص نوشته شده و R در حال تلاش برای اجرای آن به خطا برمیخورد. این اتفاق معمولاً به خاطر وجود اشتباهاتی در نحوهی نوشتن کدها پیش میآید، مثل:
۱- پرانتز، کروشه یا علامت نقل قول ناقص: ممکن است یکی از پرنتزها یا علامتهای نقل قول را نبسته باشید.
۲- دستور ناقص: احتمال دارد دستوری که وارد کردهاید ناقص باشد یا بخش مهمی از آن نادیده گرفته شده باشد.
۳- کاراکتر یا سینتکس غیرقابل تشخیص: گاهی وجود کاراکترهای نادرست مانند کاما یا نقطهویرگول اضافی میتواند باعث این خطا شود.
برای شروع، بهتر است:
کد خود را به دقت بررسی کنید تا مطمئن شوید که سینتکس صحیح است.
اگر کد طولانی است، آن را به قسمتهای کوچکتر تقسیم کرده و هر قسمت را جداگانه اجرا کنید تا دقیقتر ببینید که مشکل در کدام بخش است.
با سلام. ممنون میشم راهنمایی کنید برای آموزش از دوره R شروع کنیم یا بایو پایتان؟
دزود بر شما
برای یک بیولوژیست امروزی، دانستن هر دو زبان برنامه نویسی لازم هست. یادگیری زبان برنامه نویسی همانند یادگیری موسیقی است. صبر، پشتکار و حوصله نیاز دارد. برای کارهای بیوانفورماتیک برنامه نویسی پایتون و بایوپایتون پیشنهاد می شود و برای ویژوالیزیشن و نمایش داده، کار با داده، آنالیز داده و … برنامه نویسی R پیشنهاد می شود.
سلام و وقت بخیر. من تمام جلسات رو مشاهده کردم و میتونم بگم این دوره بسیار عااالی و همه چی تمام است. جناب دکتر حسینی با طمانینه تدریس میکنند و تمام جزئیات تدریس میشه. مثال ها، موضوع را جا میندازن و تکرار موضوعات باعث میشه تو ذهن بمونه. مفاهیم اولیه آماری خیلی خوب تدریس شد. بعد از اتمام دوره شما میتونین کد بزنین و آنالیزهای تدریس شده را انجام بدین. طبعاً برای تسلط کامل نیاز به تکرار و تمرین روی داده های متفاوت هست تا مجبور به حل چالشهای متفاوت بشویم. سپاس فراوان از جناب دکتر حسینی و آکادمی قاصدک برای برگزاری دوره های باکیفیت
درود بر شما
بسیار خرسندیم که دوره برای شما مفید بوده است. برای آماده سازی این دوره توسط مدرس ماه ها وقت صرف شده است.
با سلام و خسته نباشید، در مبحث جملات شرطی شامل if و if else من وقتی واسه اجرا source رو استفاده میکنم اجرا نمیشه ولی وقتی run رو میزنم اجرا میشه. چطوری میتونم این مشکل رو حل کنم؟
درود بر شما
لطفا در تالار گفتمان برنامه نویسی R ارسال موضوع نمایید.
با سلام و احترام مدت دسترسی به جلسات تا چند وقته؟ و اینکه آیا قابلیت دانلود جلسات وجود داره؟
درود بر شما
محدودیتی وجود ندارد. امکان تماشای دوره ها وجود دارد.
سلام برای دانلود پکیج جلسه اخر این ارور را میده باید چی کار کنم؟
package ‘DESeq2’ is not available for this version of R
درود بر شما
این خطا به این معنی است که پکیج “DESeq2” برای نسخه فعلی R که شما استفاده میکنید، در دسترس نیست. این میتواند به دلیل این باشد که نسخهی مورد نیاز این پکیج با نسخه فعلی R شما سازگار نیست یا پکیج مورد نظر در مخازن اصلی R برای نسخه شما در دسترس نیست.
برای رفع این مشکل، میتوانید به روشهای زیر اقدام کنید:
۱- بررسی نسخهی پکیج و R: ابتدا مطمئن شوید که نسخهی R و نسخهی مورد نیاز برای پکیج “DESeq2” با هم سازگار است. ممکن است نیاز باشد که نسخهی جدیدتری از R را نصب کنید.
۲- نصب از منبع دیگر: اگر پکیج “DESeq2” برای نسخهی شما در مخازن اصلی R در دسترس نیست، میتوانید آن را از منبع دیگری نصب کنید. برای این کار، میتوانید از مخازن CRAN، Bioconductor یا GitHub استفاده کنید. به عنوان مثال، برای نصب از Bioconductor، میتوانید از دستور زیر استفاده کنید:
if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(“DESeq2”)
۳- تغییر نسخهی R: در صورتی که نصب از منابع دیگر همچنان به مشکل برخوردار باشد، ممکن است نیاز باشد که به نسخهی دیگری از R که با پکیج مورد نظر سازگار است، بروزرسانی کنید.
با اجرای یکی از روشهای فوق، مشکل شما باید حل شود.
سلام استاد
در r stadio من ggplot اصلا باز نمیشه با اینکه ایکون plot هست ولی اصلا کد را نمیخونه که نمودار را بیاره
درود بر شما
لطفا کد و خطای هنگام اجرای کد را با ما در میان بگذارید. لطفا اطمینان داشته باشید که هنگام اجرا ggplot لود شده است.
سلام من این دوره رو خریدم ولی اصلا نمی دونم لینکای دانلود کجا هستن میشه راهنمایی کنید
درود بر شما
لطفا پس از واردشدن به اکانت خود به بخش دوره های من یا دوره های خریداری شده بروید. روی دوره مورد نظر کلیک نمایید. در بخش جلسات دوره به مشاهده ویدیوها دسترسی دارید.
با سلام و احترام
واقعا از کیفیت دوره R و تدریس شیوای آقای دکتر لذت بردم. با اینکه حدود سه سال هست که یادگیری R رو به صورت خود خوان و با استفاده از آموزش های یوتیوب شروع کردم، به جرئت میتونم بگم که این دوره یکی از کامل ترین دوره های آموزشی این نرم افزار هست. یکی از نقاط قوت این دوره مثل سایر دوره های آکادمی قاصدک، پاسخ به چرایی استفاده از دستورهای مختلف است که به نوبه خود در یادگیری عمیق و مفهومی بسیار نقش داره.
یه پیشنهاد هم داشتم که اگه امکان داره دوره پیشرفته تر تجزیه های آماری با استفاده از نرم افزار R ، شامل مدل های مختلف رگرسیونی و کاربرد اون ها هم تدریس بشه. از اونجایی که در دنیا از مدل های رگرسیونی به طور گسترده ای استفاده میشه و متاسفانه اطلاعات ما در این زمینه محدوده، به نظرم دوره پیشرفته تر هم مثل این دوره میتونه گره گشای مشکلات خیلی از ما دانشجویان باشه.
درود بر شما
از نظر لطف شما و ارایه پیشنهادها بسیار سپاسگزاریم. خرسندیم که این دوره تونسته گامی مفید در یادگیری زبان برنامه نویسی R باشه. ابراز خرسندی و رضایت شما از این دوره مشوق بزرگی در ارایه دوره های بعدی ماست.
پیروز باشید
سلام وقتتون بخیر
دوره بسیار لذت بخشی بود، به جرات میتونم بگم با اینکه حدود ۱۵ سال کار پژوهشی میکنم تا الان دوره ای به این خوبی ندیم. پرادختن به جزئیات که از ملزومات این نرم افزارهاست بدون نقص و کامل هست و از همه جذاب تر صبوری و بیان روان استاد بود.
پیشنهاد میدم در صورت امکان تجزیه های تکمیلی، مدل های رگرسیونی، نمودارها و جداول زیبای همبستگی در R که بسیار پرکاربرد هستند و همچنین PCA به مجموعه اضاف بشه و بسیار مشتاق هستم برای اپدیت های بعدی
سپاس از وقت ارزشمندی که گذاشتید و تیم خوبتون
درود بر شما
از نظر لطف شما سپاسگزاریم. ابراز رضایت شما از این دوره مشوق بزرگی در ارایه دوره های بعدی ماست.
در مورد بخشهایی که فرمودید حتمن در برنامه های ارایه ما قرار می گیرند.
پیروز باشید
سلام وقتتون بخیر..میخواستم ببینم اگر ما الان درخواست سرتیفیکیت دوره را بدیم باز میتونیم ویدیو ها را ببینیم یا دسترسی قطع میشه؟
درود بر شما.
محدودیتی در دسترسی به ویدیوها به وجود نمی آید.
پیروز باشید
سلام باتشکر ازتیم خوب قاصدک، من توجلسه ی نوزدهم نتونستم از serverی که آقای دکتر فرمودن ، با دستورات زیر دیتا رو دانلود کنم. حتی توی صفحه ی اصلی وب هم در دسترس نیست این server.
download.file(url = “http://ndownloader.figshare.com/files/2292169”
destfile = “sample_data.csv”)
sample_data <- read_csv("http://ndownloader.figshare.com/files/2292169"😉
اروری هم که میده در زیر مینویسم:
Error in download.file(url = "http://ndownloader.figshare.com/files/2292169", :
cannot open URL 'http://ndownloader.figshare.com/files/2292169'
ممنون میشم راهنمایی کنید
درود بر شما
دو خطا در کدی که نوشتید وجود دارد. یکی اینکه https باید باشد نه http. دیگر اینکه بین دو آرگیومنت باید کاما باشد. لطفا فایل کدهای مربوط به هر بخش را نیز دانلود نمایید و با کد خودتان مقایسه نمایید.
download.file(url = “https://ndownloader.figshare.com/files/2292169”,
destfile = “sample_data.csv”)
پیروز باشید
سلام، من دوره ی بیوانفورماتیک رو قبلا دیدم و واقعا خوب بود ولی برای این دوره که هنوز همه ی فصل های نیومده کاشکی مینوشتید که سرفصل ها چی هستند و یا یکم راجع به کسی که بهمون اموزش میده میگفتید بهمون.
باز هم ممنون بابت دوره های خیلی خوبتون
درود در اینستاگرام آکادمی بخش هایلایتها را مشاهده بفرمایید.
استاد این درس از طراحان اصلی دوره بیوانفورماتیک و مدلینگ پروتیین میباشند.
قدردان همراهی شما
سلام وقتتون بخیر، ممنون از تیم قاصدک
ببخشید من وقتی پکیج tidyverse رو لود میکنم این پیام برام می یاد
── Attaching core tidyverse packages ──────────────────────────────────────────────── tidyverse 2.0.0 ──
✔ dplyr 1.1.3 ✔ readr 2.1.4
✔ forcats 1.0.0 ✔ stringr 1.5.0
✔ ggplot2 3.4.2 ✔ tibble 3.2.1
✔ lubridate 1.9.2 ✔ tidyr 1.3.0
✔ purrr 1.0.2
── Conflicts ────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag() masks stats::lag()
ℹ Use the conflicted package to force all conflicts to become errors
باید چی کار کنم ارورش درست بشه؟
(من دو تا ورژن R رو نصب دارم یکی ۴.۱.۱ و یکی هم ۴.۲.۳ و این ارور رو روی ورژن ۴.۲.۳ نشون میده)
درود بر شما
ما خطایی نمی بینیم. این پیغام لود شدن این پکیج هست. اگر منطور شما conflict هست، این خطا نیست مثلن dplyr::filter() masks stats::filter() ، این پیام داره میگه که اگر بخواهید مثلن از تابع filter استفاده کنید، این تابع در دو پکیح وجود داره و اگر بخواهید از پکیج حاصی استفاده کنیدباید با استفاده از :: پکیج رو مشخص کنید.
با عرض سلام و خسته نباشید
وقتی در Data frame,میخواهیم attach کنیم ارور زیر رو میده.
مشکل از کجاست ؟
:The following objects are masked _by_ .GlobalEnv
درود بر شما
لطفا کد را ارسال نمایید.
سلام و وقت بخیر.من دوره را ثبت نام کردم اما جلسه ابتدایی در پورتالم بارگذاری نشده است
درود بر شما
شما از قسمت جلسات دوره ها به ویدیوهای بارگذاری شده دسترسی دارید. لطفا بفرمایید منظور از جلسه ابتدایی چیست؟ اگر از قسمت تماس با ما با ایمیل ارسال نمایید، ممنون خواهیم شد.
با سلام.
من برای سیو scipt با پیغام فایل یافت نشد مواجهه شدم. و فایل در working directory ذخیره نمیشه
درود بر شما
احتمالن WD را انتخاب نمودید ولی اون رو set نکردید. در دوره شیوه اینکار گفته شده است. لطفا مجددا مشاهده نمایید.
سلام و وقت بخیر خدمت تیم قاصدک
اول یه تشکر ویژه بابت این دوره ارزشمند ازتون دارم.
من دیروز مباحث پایه این دوره رو به اتمام رسوندم و بی صبرانه منتظرم تا ادامه این دوره رو لود کنید.
سلام وقت بخیر . من گزینه source رو میزنم این ارور رو میده
راهنمایی میفرمایید چطوری حلش کنم؟
Error in file(con, “w”) : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, “w”) :
cannot open file ‘C:/Users/Avin/Documents/.active-rstudio-document’: No such file or directory
درود بر شما
در زیر چند مرحله برای رفع این مشکل آورده شده است:
۱. **بررسی مسیر فایلها**: مطمئن شوید که اسکریپت R یا سند شما را در مکانی که وجود دارد و دسترسپذیر است ذخیره کردهاید. از صحت مسیرهای فایل در کد R خود مطمئن شوید.
۲. **مجوزهای فایل**: مطمئن شوید که دسترسیهای لازم برای نوشتن در دایرکتوری مشخصشده دارید. اگر سعی دارید خروجی یا نمودارها را ذخیره کنید، مطمئن شوید که دایرکتوری قابل نوشتن است.
۳. **پاک کردن جلسه RStudio**: گاهی اوقات، وضعیت جلسه RStudio ممکن است مختل شود. میتوانید RStudio را ببندید و دوباره باز کنید تا ببینید آیا مشکل رفع میشود یا خیر.
۴. **راهاندازی مجدد R**: اگر راهاندازی مجدد RStudio به کمک نیامدهاست، میتوانید خود جلسه R را با استفاده از منوی “Session” در RStudio و انتخاب “Restart R” راهاندازی مجدد کنید.
۵. **بررسی دایرکتوری کاری**: با اجرای دستور `getwd()` در کنسول R، مسیر کاری کنونی را تأیید کنید. مطمئن شوید که به دایرکتوری معتبری که دسترسی نوشتن دارید تنظیم شدهاید. میتوانید با استفاده از `setwd()` مسیر کاری را تغییر دهید.
۶. **نصب مجدد R و RStudio**: اگر هیچکدام از مراحل فوق به شما کمک نکردند، میتوانید تلاش کنید که R و RStudio را دوباره نصب کنید. گاهی اوقات، نصب تازه میتواند مشکلات غیرمنتظره را حل کند.